A Villa Col de’ Canali di Costacciaro, una chiesa dedicata a Sant’Apollinare esisteva già, probabilmente, dalla metà, almeno, del 1300. Questa, però, di competenza della Parrocchia di San Marco Evangelista di Costacciaro, sorgeva nella campagna sottostante al paese, tra le località rurali “Valbonosa” e “Le Madonne”.

Era solo una piccola, modesta chiesa, quella di Valbonosa, intitolata, congiuntamente, alla Madonna (da cui, probabilmente, il nome di luogo “Le Madonne”) ed a Sant’Apollinare.

Essa è indicata da una carta della Diocesi di Gubbio, realizzata dal cartografo Ubaldo Giorgi, su commissione dell’allora vescovo diocesano Mariano Savelli, circa l’anno 1575.

Il Canonico Sassi, nella relazione della Visita pastorale del 1857, ci informa, inoltre, che la piccola chiesa originaria di campagna (era lunga passi 12 e larga 8) distava, dall’attuale, circa mille passi e che la comunità di Villa, stanca di farsi tanta strada a piedi, per partecipare alla Messa, chiese ed ottenne, dall’allora Vescovo, Ottaviano Angelelli, che essa fosse demolita e ricostruita in cima all’attuale colle di Villa, in località “Il Capetello”. Due Visite canoniche, l’una del 19 novembre 1635, e, l’altra del 7 novembre 1692, rispettivamente effettuate dai vescovi Ulderico Carpegna e Sebastiano Pompilio Bonaventura, ci documentano come la pala d’altare della chiesa originaria fosse lo stesso splendido dipinto su tela del grande pittore eugubino Virgilio Nucci, che possiamo tuttora ammirare, completamente restaurato, nella parete alta di destra della chiesa attuale, e che raffigura La Vergine con il Bambino, affiancata dai santi Francesco, con la croce alla mano, a sinistra, ed Apollinare, in abiti pontificali, a destra.

La nuova chiesa, con abside circolare rivolta ad oriente, e splendido campanile coronato, come a San Pietro di Gubbio, da merli guelfi, fu consacrata il 31 ottobre 1786.

Il caratteristico campanile della parrocchiale di Villa fu smantellato, qualche decennio fa, senza che nessuna autorità competente intervenisse per salvarlo.

Euro Puletti